Revenge of Shinobi es el primer título de una trilogía para Mega drive. Sin embargo, este es una secuela directa de un arcade de la propia SEGA llamado simplemente Shinobi, aunque más que una secuela se podría considerar una conversión ampliada.
El juego fue uno de los primeros en aparecer en el catálogo de Megadrive. Fue lanzado en 1989 en Japón y EEUU, haciéndolo en 1990 en Europa, prácticamente con el lanzamiento de la consola en cada territorio.
Este título fue lanzado para la consola de Sega a finales de 1989 y ha tenido varias versiones con pequeños cambios gráficos debido a problemas de licencia.
El protagonista de esta historia, el ninja Joe Musashi, hace tres años derrotó a la organización criminal Zeed. Durante este tiempo, lo que quedaba de esta organización se ha preparado para vengarse, ha resurgido como Neo Zeed, ha matado a todos los compañeros de Musashi y ha secuestrado a su prometida. Nuestro héroe deberá recorrer 8 localizaciones, cada una consta de dos niveles y un jefe final, para rescatar a su prometida Naoko de las manos de Neo Zeed y acabar de una vez por todas con esta peligrosa organización.